非极性气相色谱柱和极性气相色谱柱在应用范围、化合物分离顺序以及使用温度等方面存在明显的差异。

1. 应用范围：非极性气相色谱柱主要应用于分析非极性化合物，如烃类、酮类、醇类、醚类、芳香烃等。而极性气相色谱柱则应用于分析极性化合物，主要是聚乙二醇类。

2. 分离顺序：非极性柱的分离顺序主要是根据试液的沸点，而极性柱的分离顺序除了沸点之外还和物质的极性有关系。

3. 使用温度：非极性气相色谱柱的使用温度范围较广，可以在50-350℃之间。而极性气相色谱柱的使用温度则较低，一般在50-250℃之间。

总的来说，非极性气相色谱柱和极性气相色谱柱各有其特性和应用范围，需要根据待测物质的性质选择合适的色谱柱。