非极性气相色谱柱和极性气相色谱柱在多个方面存在明显的差异。

1. 固定液种类：非极性气相色谱柱的固定液主要包括烃类和硅氧烷类，而极性气相色谱柱的固定液主要是聚乙二醇类。

2. 分离顺序：非极性柱的分离顺序主要是根据试液沸点，而极性柱的分离顺序除了沸点之外还和物质的极性有关系。这意味着极性气相色谱柱在分离极性物质方面更具优势。

3. 使用温度：非极性色谱柱的使用温度范围较广，可以在50-350℃之间，而极性色谱柱的使用温度则较低，一般在50-250℃之间。这表明非极性色谱柱能够承受更高的温度，这对于一些需要在高温条件下进行分析的样品来说是重要的。

4. 应用范围：非极性气相色谱柱主要应用于分析非极性化合物，如烃类、酮类、醇类、醚类、芳香烃等，而极性气相色谱柱则应用于分析极性化合物，主要是聚乙二醇类。

总的来说，非极性气相色谱柱和极性气相色谱柱各有其特性和应用范围，需要根据待测物质的性质和实验条件选择合适的色谱柱。