毛细管色谱柱和填充色谱柱在结构、性能和应用上存在明显的区别。

1. 结构：

* 毛细管色谱柱是由小直径的管状柱子组成的，通常是25-100米长，0.1-0.5毫米内径。

* 填充色谱柱是由管状柱子内部填充着固体或液体的物质组成的，通常是10-30厘米长，3-4毫米内径。

2. 性能：

* 毛细管色谱柱的高比表面积能够提供更高的分离效率，但流速较低，相应分离时间较长。

* 填充柱则具有较快的流速和较短的分离时间，但分离效率有限。

3. 应用：

* 目前填充色谱柱的应用，已经越来越多的被毛细管色谱柱所代替。

* 在实际GC分析中，90%以上均为毛细管色谱柱。

总体来说，毛细管色谱柱在许多方面都优于填充色谱柱，但在一些特殊情况下，填充色谱柱仍然有其应用价值。